在24世纪，水星被改造成一颗布满海水的星球，名为“新威尼斯”。

少女灯里从地球来到这里，加入了著名的领航员公司“亚里亚公司”，梦想成为一名能温暖人心的“水之领航员”。

这里没有打斗，只有每天划着贡多拉，载着形形色色的客人，看潮涨潮汐，听风吹过风铃。

然而近期，新威尼斯频繁出现异常潮汐和迷雾，导致航道混乱。

灯里在追寻一只神秘的水精灵时发现，这一切都是因为海底深处沉睡的“遗迹制造机”被唤醒了。

如果不能学会与这颗星球的灵魂对话，整座城市将被巨大的水龙卷吞噬。