圣诞节前夕，SOS团团长凉宫春日突然人间蒸发。

当阿虚从教室课桌上醒来，他发现世界变得无比“正常”：长门有希是普通文静的书虫，朝比奈实玖瑠是内向的学姐，古泉一树是隔壁班的帅哥。

在这个没有不可思议事件的北高，阿虚拥有平静的日常，但他内心深处总觉得缺失了最重要的东西。

他试图寻找春日的痕迹，却发现连学校档案里都没有她的名字。

直到他在图书馆角落里找到一本被撕毁的《凉宫春日的忧郁》同人志，才意识到是自己许愿让神明“消失”了。