第四部剧场版中，反派暗黑大帝利用“邦宝病毒”入侵了宇宙的能量网络，导致神兽金刚的合体系统濒临崩溃。

为了寻找传说中的“邦宝能量核心”来净化病毒，五位少年驾驶着受损的神兽机甲，进入了由数据构成的“邦宝数码世界”。

在这个世界里，物理法则不再适用，机甲可以随意变形重组。

他们发现，所谓的“邦宝能量”其实是一个远古游戏开发者留下的程序内核，而暗黑大帝试图将整个真实宇宙改写成他的游戏脚本。

少年们必须在被数据吞噬之前，用勇气和智慧破解游戏漏洞，完成这场跨越虚拟与现实的终极决战。